Uma coisa engraçada que eu notei no Wine, é que ele parece se comportar como o Windows.
O que acontece se eu apagar a System32 do Wine? Eu vou destruir o meu Linux, ou isso só destrói o ambiente do Wine? E se destruir o ambiente do Wine, qual a solução?
A “system32” do wine não é um diretório vital do Linux, logo, não pode afetá-lo. Mas fazer isto, obviamente, vai afetar o funcionamento do wine. Não sei o pq vc quer apagar a system32, mas desinstalar o wine e reinstalá-lo pode resolver.
Não é nem sequer algo nesse nível. Basta rodar wineboot -u para refazer a pasta system32, sem perder nada na pasta .wine.
Respondendo a pergunta: Apagar a system32 do Wine vai fazer todos os EXEs de Windows darem erros de DLL faltando no terminal, mesmo os inclusos no Wine, e recusarem a iniciar. Aplicativos nativos do Linux não serão afetados, a não ser que eles usem o Wine instalado no sistema por alguma funcionalidade, continuando a agir normalmente.
Complementando, dependendo do app o máximo que acontece é você ganhar espaço
