Olá. Bem-vinde a essa comunidade! 
Algumas informações talvez ajudem o pessoal aqui da comunidade a tentar ajudar você a solucionar essa questão.
Vou sugerir esse procedimento de troubleshooting:
1. Definir o problema;
Há um dual boot com Pop!_OS e Windows em um dispostivo.
Não consegue acessar vários sites no Pop!_OS. A maioria deles. No Windows tudo funciona normalmente.
Você disse: “Agora, sempre que ligo meu computador (…)”.
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Isso quer dizer que nem sempre foi assim? Que quando o sistema Pop!_OS estava recém instalado, você conseguia acessar normalmente os sites?
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Fez alguma configuração na rede do Pop!_OS antes do problema se apresentar? Se sim, qual? Se sim, qual o motivo da configuração/modificação?
2. Identificar a causa do problema;
2.1) Você disse: “Ja setei o resolv.conf com dns do google e parou de acessar em todos” e “[O que] funciona para acessar google e youtube é utilizando 127.0.0.53, porém na maioria dos outros nem se quer carrega a pagina”.
- Que alterações você fez nesse arquivo?
Como está esse arquivo atualmente? Por favor, poste aqui (coloque três crases acima e três crases abaixo) a saída do comando (use Ctrl+Shift+C para copiar o texto selecionado com o mouse no terminal):
cat /etc/resolv.conf
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Em modo gráfico: Vá em Configurações [do sistema] no Pop!_OS, em Rede (se for cabeada - ou Wi-Fi se for wireless), você você clica na engrenagem do cabo conectado, e o que está nas abas IPv4 e IPv6? Enviar prints dessas telas talvez ajude. Envie o equivalente do Windows também; OU
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Em modo linha de texto (parece que você prefere esse): O que retorna os comandos (no Windows e no Pop!_OS, respectivamente)? Por favor, poste aqui (coloque três crases acima e três crases abaixo) a saída dos comandos:
ipconfig /all
ifconfig -a
2.2) Porque você colocou esse IP como dns, o 127.0.0.53?
Eu coloquei isso nas…
... minhas configurações...
Há algumas formas de encriptar o DNS… Em alguns níveis…
(…)
- No sistema operacional do dispositivo usado (Android, Windows, distros Linux);
- O Android, a partir da versão 9, dá a opção de DoT nativamente. Basta ativar. Cloudflare , CleanBrowsing , Google;
- O Windows 11 dá a opção de DoH nativamente. Basta ativar ;
- Em distros Linux você pode usar o Stubby (edit3: no Windows 10 também… Mas da última vez que fiz no Windows 10, só funcionou para encriptar o tráfego IPv4). Basta achar um tutorial para sua distro. Sugestão 1 . Sugestão 2 . Eu só consegui em distros derivadas do Debian/Ubuntu. edit: Minto! Consegui no Solus também. Mas no Regata, que é derivado do openSuse, não. Ainda não.
… para encriptar o DNS. Você está testando alguma coisa parecida?
Pergunto porque 127.qualquer-coisa é usado para designar o próprio dispositivo. Ou não (também estou aprendendo aqui)?
No meu Regata OS - em que eu não configurei encriptação de DNS (DoH ou DoT) o arquivo /etc/resolv.conf está com essas linhas no final:
nameserver 1.1.1.2
nameserver 1.0.0.2
nameserver 2606:4700:4700::1112
Já no Pop!_OS qeu tenho configurado o DoH, está com
nameserver 127.0.0.53
3. Aplicar correções para solucionar o problema.
(com as informações disponíveis não tenho ideia do que sugerir de forma certeira para soluçionar a questão… Talvez alguém tenha agora, ou alguém vai ter depois dessas questões serem respondidas por você)
Boa sorte com a sua questão! 