O Minecraft Java Edition é o Minecraft original, o primeiro feito que atualmente está na 1.14.1. Já o Windows 10 Edition é o mesmo que o Bedrock Edition que tem para celular, Nintendo Switch, Xbox etc… e está na 1.11.1. O bedrock edition era o pocket edition antigamente.
A diferença dos dois é que o Java Edition está sendo desenvolvido desde 2009 sendo assim é mais completo no tocante comandos, certas mecânicas, e bugs mas os blocos e itens são os mesmos.
Porem a diferença mais gritante entre os dois (Java e Win10/Bedrock Ed.) é o desempenho e os gráficos, mas principalmente o desempenho.
O Java Edition é escrito em Java, já Win10/Bed.Ed. é escrito em C++ sendo assim o Win10/Bed.Ed. roda muito, mais muito mesmo SÉRIO mais rapido que o Java Edition. No meu Linux Mint eu rodo os 2 e no Java eu deixo a distancia de renderização em 12 chunks e mesmo assim da uns lag e engasgos, já o Win10/Bed.Ed. eu rodo a 32 chunks no talo com tudo no máximo conseguindo ver até a ‘ponte que partiu’ se é que me entende. o Win10/Bed.Ed. roda bem até no pc mais brochante que você tiver kkk.
Na imagem você pode ver os dois Minecrafts rodando lado a lado no linux.
E o Win10/Bed.Ed. tem a Xbox live que da para jogar com players em outras plataformas.
OBS: tem como rodar quase que nativamente (sem Wine ou coisa parecida) o Win10/Bed.Ed. no linux se quiser eu posto o link.