Olá. 
Pra confirmar, é isso…
…? Você estava com a espectativa de ver no gerenciador nemo algo como o ícone que aparece em cima na imagem (retângulo vertical com símbolo de planilha), mas se deparou com o ícone que aparece em baixo na imagem (retângulo vertical com miniatura da primeira página do documento)?
Se for esse o caso, pelo que eu lembro esse fenômeno acontecia no Windows também, quando o aplicativo padrão era o LibreOffice…
(ah! parece que acontecia mesmo, dessa vez minha memória estava correta ^^')
Não sei como resolver isso, mas conheço uma gambiarra. A gambiarra é assim:
Abra o gerenciador de arquivos, clique com o botão direito do mouse sobre um arquivo *.ods, então clique no símbolo do ícone que aparece na nova janela (a parte indicada no círculo vermelho da imagem abaixo), e escolha o ícone de planilha do libre office calc.
Pronto! Gambiarra feita. 
Daí a partir de agora você tem duas opções:
1- Sempre que for criar um arquivo *.ods copie e cole esse arquivo com ícone modificado. Apague o conteúdo dessa cópia e faça o conteúdo novo; OU
2- Sempre que for criar um arquivo *.ods faça esse procedimento de alterar ícone.
“E como faço com arquivos já criados? Vou ter que alterar ícone por ícone, documento por documento?” você talvez pergunte…
… Bem… Eu disse que não é uma solução, é uma gambiarra. Por esse motivo, aliás, peço que não marque isso como solução. Pode ser que alguém saiba como resolver, resolver mesmo, esse problema.
Até mais! 