Eu não tinha percebido sobre a dimensão da janela quando ela volta para o modo tiling. Fiquei com a impressão que a animação estava bugando, mas acho que sua hipótese é mais lógica. Todavia isso também não me incomoda.
Hoje eu estava pesquisando sobre o special workspace e encontrei como usar no reddit.
Um exemplo do xfce4-terminal usando o scracthpad:
windowrulev2 = move 1027 53,class:^(xfce4-terminal)(.*)$
windowrulev2 = float,class:^(xfce4-terminal)
windowrulev2 = workspace special:xfce4-terminal,class:^(xfce4-terminal)
bind = $mainMod, L, exec, pgrep xfce4-terminal && hyprctl dispatch togglespecialworkspace xfce4-terminal || xfce4-terminal
Quando você aperta Super+L o sistema confere se o xfce4-terminal está aberto, alterna para o special workspace se estiver aberto ou abre o programa se não estiver. É de exemplo desse tipo que faltam na Hyprland Wiki.
Com a mesma lógica desse bind aí do exemplo, tentei unir aqueles seus comandos das janelas flutuates com && mas o hyprland retornou um erro. Tentei apenas com bind = $mainMod, space, togglefloating && centerwindow, porém o mesmo erro foi reportado. Mas apenas com esses dois comandos associados ao Super+Space, ao meu parecer, ficou bastante fluido.
Agora consegui entender a usabilidade do scratchpad, obrigado por esclarecer.