Recentemente, foi iniciado o trabalho no código fonte do GNOME para adicionar o suporte ao recurso accent color, já presente no Ubuntu, que permite ao usuário mudar cores de elementos da interface.
Está previsto o suporte inicial a apenas 10 cores, mas posteriormente, teremos mais opções para personalizar detalhes como botões e barras deslizantes. O Lançamento da novidade está previsto para o GNOME 45.
Comparação entre GNOME com accent color azul e verde. Fonte: Alexander Kikhaylenko
Se não estou enganado, já tem um app chamado Gradience que faz isso.
É instalável por flatpak.
Existe uma extensão para o Gnome que habilita esta opção.
https://extensions.gnome.org/extension/5547/custom-accent-colors/
Muito legal, quem diria, mas dessa vez o Ubuntu saiu na frente. A Canonical implementou os accent colors há algumas versões, legal que agora vai ser nativo para todos os sistemas. 
Acho que antes não tinha muito motivo. Tal como os devs do xfce que não se importam de atualizar o tema padrão pois já aceitaram que cada usuário e distro vai usar seu próprio tema de preferência, os do gnome também contavam com isso. A postura deve ter mudado por conta daquela questão de pedir para as distros não modificarem tanto os temas, agora o pedido fica mais razoável. Ter a opção de mudar a cor da distro de azul para verde já é personalização mais que suficiente para um mint gnome, por exemplo.
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