Recentemente, me deparei com o mesmo problema que tive com Debian Stretch: atualização de programas pelo flatpak. No Debian Stretch, houve um problema ao atualizar o Kdenlive: eu precisava de uma versão mais recente do flatpak se eu quisesse atualizar o Kdenlive. No Debian Buster, ao atualizar o openh264, tive o mesmo problema.
Na época do Stretch, resolvi o problema instalando o flatpak através do Stretch-Backports. Mas não há flatpak no Buster-Backports. O que eu posso fazer?
Consegui instalar o flatpak depois de instalar o libfuse-dev, mas surgiu outro problema e não tive paciência para resolver. Minha conclusão é que Debian Stable e flatpak não combinam.