Flatpak: como configurar caminhos quando um app depende de um executável externo?

Linux
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Olá, meus amigos.

Eu instalo quase tudo via flatpak, mas se tem uma coisa que é um inferno é conseguir configurar caminhos quando um app depende de um executável externo.
Por exemplo: estou tentando processar imagens em formato RAW no Hugin, para fazer Focus Stacking. Para importar as imagens, ele usa o darktable-cli que precisa estar no PATH.
Aqui vem o problema… se tudo for instalado via repositórios (apt no meu caso), tudo funciona perfeitamente, mas e quando tudo, ou parte, está em Flatpak?
O Flatpak não tem acesso a pastas como /usr/bin e isto não vai funcionar mesmo alterando propriedades de permissões com o FlatSeal. Ou seja, só consigo configurar se for tudo instalado via repositório (DEB files).
Então, me digam, por favor, como eu configuro isto? Como faço para indicar um caminho de executável quando ele é um Flatpak e fica numa pasta com caminho que não poderia ser mais obscuro e não funcional?

Se você está em um sistema totalmente baseado em Flatpak, como fica uma coisa destas?

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Flatpak (Snaps, AppImagens) podem ser formatos interessantes para disponibilizar Apps, mas está longe de ser algo funcional em muitos aspectos…

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Um jeito bem gambiarra talvez seja colocar o executável em /var/lib/flatpak/app/[APP.ID]/current/active/files/bin e dar permissão de execução

É possível que após uma atualização do app o arquivo suma. Não testei.

Não tenho este app, então fiz um teste com o Epiphany aqui que deu certo. Verifique se dará certo no seu caso em específico

# abrir um shell dentro do container do Epiphany
flatpak run --command=sh org.gnome.Epiphany

dentro do container recém aberto

# verificar pastas na variável PATH
echo $PATH
# retorna /app/bin:/usr/bin

fora do container (uma nova aba no terminal).

# ir para a pasta
cd /var/lib/flatpak/app/org.gnome.Epiphany/current/active/files/bin

# OBS: As modificações só são possíveis como administrador, por isso a utilização do comando `sudo`

# criar um arquivo teste
sudo touch test

# dando permissão de execução ao arquivo
sudo chmod +x test

# editando com nano
sudo nano test

editando o arquivo com nano
(CTRL+S pra salvar CTRL+X pra fechar)

echo Hello World

dentro do container

# testando a execução do arquivo
/app/bin/test
# retorna Hello World
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O motivo de existir Flatpak é não ter que lidar com esse tipo de situação. Infelizmente o empacotador não foi feliz e não aproveitou para incluir todas as dependências do programa no pacote.

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