Em específico, o spotify está com esse problema, inicializa numa janela anônima e sem ícone

não sei se é o app ou os meus temas, mas eu já reinstalei e o problema persiste
DE: Xfce 4.16,
WM Theme: Mojave-dark-solid,
Theme: Mojave-dark-solid [GTK2/3],
Icons: WhiteSur-dark [GTK2/3]
Então, toda vez que usei o Plank (essa dock que usam para o XFCE) sempre tive alguns problemas com ícones ou programas meio que duplicados.
Eu também uso XFCE, mas para fixar ícones e abrir programas em cima do mesmo ícone (instância) uso uma outra dock que é a Dockbarx. No link tem as instruções de como instalar.
A vantagem de usá-la é que ela pode ser usado como um applet que se integra ao painel do XFCE, veja:
Ao instalá-lo você poderá adicioná-lo ao painel do XFCE:
Ou seja, tudo numa única barra como no Chrome OS ou no novo Windows 11. Mas se você preferir ter a dock separada, é só iniciá-la, ficará assim:
Eu acho o Dockbarx como dock melhor que o Plank, recomendo trocar.