É um conflito entre como o Electron isola os aplicativos e as políticas de segurança padrão do Debian. Mesmo problema ocorre em apps Electron (com ou sem AppImage) quando são instalados sem sudo.
Inicie com ./Etcher.AppImage --no-sandbox para iniciar o Electron sem isolamento (não é problema, o Etcher não abre sites de terceiros como propagandas, etc.) ou faça o indicado no passo 2 para desativar a medida de segurança que causa isso.