A inclusão do Flathub é possível, mas improvável. Não conte com isso.
O uso de pacotes .deb foi eliminado de vez, isso não mudará. Espere ver outros sistemas seguindo o mesmo caminho.
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Isso eu já imagino, porém pensei que o Pop!_OS seria o “primeiro” a tomar essa abordagem. Contanto que sejá possível instalar pacotes .Deb, através do apt ou Eddy, já está excelente. Particularmente prefiro empacotamento nativo aos universais, mas quem não tem cão, caça com gato 
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