No Linux, HDD ia de acordo com o uso, na grande maioria das vezes não era necessário desfragmentar o disco por causa do sistema de arquivos ext 2 3 4 btrfs, mas mesmo assim o HDD fragmentava. Eu nunca desfragmentei Linux também, eu formatava várias vezes antes 
, já ouviu falar do SDA?
Vamos fundar o SDA - Saltadores de Distribuições Anônimos . 
No Windows o desfragmentador “sabe” qual cluster ele podia mover e qual não, então podia usar o sistema enquanto ele desfragmentava. Já no Linux é aconselhável talvez por causa do estilo de sistema de arquivos, ou pela falta de padronização das distros Linux, por isso recomenda desmontar, mas é um palpite. Uma vez eu desfragmentei um MP4 genérico na época, usava memória eMMC, não sei se foi azar mas pifou de vez 
… Eu era criança e as fontes de pesquisa da época eram ruins então…
Mas conforme o @Albert disse é bom desfragmentar o disco pois como ele está ruim, quanto mais organizado você deixa o HDD mais tempo ele pode durar…
Deu um certo problema no Fórum, que rapidademente já foi resolvido pelo @thespation então aproveitando a situação e é um hábito que tenho, sempre antes de enviar uma mensagem, especialmente se ela for bem trabalhada e grande, control+a e control+c em um notepad. 