Alguém sabe porque o JDownloader não está nos repositórios do Debian e derivados??? Será que tem como solicitar que adicionem nos repositórios??
Baixe o arquivo .sh direto, configure-o para executar com programa e “rode-o” normalmente como faria no Windows. Sei que não é o que você perguntou, mais, vai por mim, isso evita muitas dores de cabeça.