O jeito mais fácil é, na hora da instalação:
- usar partição /home separada
Depois da instalação:
2) Anotar os pacotes e arquivos que você está alterando depois da instalação. Eu deixo no meu desktop e sempre que dou apt install PACOTE eu anoto ali. Também quando mudo algum arquivo anoto (Alteração no smb.conf).
Como não quebrar o sistema:
- Não remova muitos pacotes ao mesmo tempo. De preferencia instale o sistema gráfico básico e só desinstale os pacotes que você instalou. Deixe o apt resolver dependencias órfas (apt auto-remove)
- NUNCA use “make install” como root. Programas instalados desse jeito jamais serão removidos.
- ‘pip install PACOTE’ proibido como root.
No caso de você querer instalar outra distribuição ou reinstalar o sistema, configure o mesmo /home criuando usuários na mesma ordem , e com o mesmo diretorio. Quando instalar o sistema seu desktop será o mesmo, exceto pelos programas que você precisa instalar e que já tem anotado.