Olá! É perfeitamente tranquilo usar o Pop!Os com dual-boot ou quantos “boots” você quiser, eu estou usando em “triple-boot” no momento. 
O processo de boot do Pop!Os é um pouco diferente, ele possui sim o Grub instalado e ativo, porém, parte do processo de boot é gerenciado usando o SystemD.
Esse assunto foi bem discutido neste post aqui e a solução também está nele.