E por fim, essas coisas são muita gambiarra, acabei por entender que é melhor criar uma partição pequena com o Ubuntu em instalação mínima, que ele cuida de instalar o grub-efi sem problemas, daí faz outra partição com o Pop!_OS deixando o Ubuntu com o gerenciamento de boot pelo grub-efi sem problemas. Na boa, eles deveriam facilitar a instalação do grub-efi, ou dar a opção de systemd-boot ou grub-efi na instalação.