acabei instalado um programa direto do instalador, não estou conseguindo deletar, alguém sabe como fazer isso no POP!_OS
No geral, dá para achar o desinstalador fuçando na pasta onde está instalado o programa, se não tiver um atalho pro próprio junto com os atalhos do programa em si. Como você não passou pela loja nem pelo gerenciador de pacotes, não tem um padrão.
Se der o nome do programa em específico que você tentou instalar, talvez que também usou ele saiba como.
No Gerenciador de Pacotes Synaptic ele não apareceria?
Informe o nome do programa, por gentileza.
Acho que no caso ele usou um programa com install.sh / programa.run (como o Softmaker Office e DaVinci Resolve multidistros), então não ia aparecer no Synaptic.
De qualquer jeito, 99% dos casos o desinstalador está na mesma pasta que o programa que o programa está instalado, uma investigada com o editor de menus dá essa informação.
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No lugar que você descobriu como instala (tutorial ou página oficial do programa) geralmente ensinam como desinstalar.
Se vc instalou à partir de um .deb vc pode simplesmente clicar nele de novo e aí quando abrir o instalador (eddy) no lugar do botão “instalar” vai aparecer “desinstalar”.
Depois diga se deu certo. 
Defina instalador !