Faz sentido se a gente considerar todas as convenções (até as duvidosas) do Debian. O Debian sempre preferiu ser chamado de Debian GNU/Linux (ferramentas do GNU + núcleo Linux). Se eles fossem tentar colocar as ferramentas GNU em cima do FreeBSD, faria sentido a variação se chamar Debian GNU/FreeBSD (kFreeBSD no caso porque pegaram só o kernel, não o SO completo, etc.).
Quando soube do GNU/kFreeBSD, achei a proposta intrigante, pena que ela já tinha acabado e praticamente nenhuma variação dos BSD (ao menos das que eu conheço) experimentou com esse conceito depois.