Uma coisa que tive testando no ultimo ano é o uso dos apps empacotados em AppImage para o uso diário. Antigamente, no meu uso normal, notava também que com o passar do tempo o desempenho da minha máquina ia caindo, e suspeite da fragmentação dos arquivos na máquina.
Notei que em pcs com pouca memória, ex.: 2Gb de ram - modelos antigos mesmo, o desempenho de um mesmo app, em instalação normal e empacotado em AppImage tinha sim diferença. Tanto no arranque, como durante o uso.
Realmente ví que swap faz diferenças numa hora dessas. Mas como aparentemente por todos os arquivos de um app estarem compactados contendo somente os arquivos necessários para o app funcionar - e pelo o visto os arquivos serem lançados para a RAM também, o ganho de desempenho é grande.
Afinal é em máquinas com poucos recursos é que notamos o verdadeiro desempenho de um SO.
Outra dica é ter a /Home separada. Isso vai diminuir também a área de busca por arquivo X na partição inteira.
Atualmente estou usando o Bodhi Linux, - Meu Deus, como é leve esse sistema quando instalado - e a interface BSPWM (com script de instalação aqui no fórum). Num Compaq Presario CQ40 tá voando baixo com os apps empacotados em AppImage.