Eu gostaria de saber se é possivel cirptograr um HD em operação, ou seja que já esteja em uso usando a criptografia LUKS. E se sim quais cuidados eu devo ter com isso.
Olha, possível até é, mas o grau de dificuldade depende de como está o seu disco: tipo de partição, tipo de sistema de arquivos, espaço livre, possibilidade de espaço temporário. Além do mais terá que refazer as opções de inicialização.
Se a pergunta for: existe forma fácil de criptografar uma partição em operação, a resposta é não.