Confira o post completo no blog: https://diolinux.com.br/2020/05/como-utilizar-flatpaks-no-linux.html
Saiba o que é e aprenda como utilizar Flatpaks nas principais distribuições Linux.
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Se me permite, tem outros drawbacks:
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Não poder usar serviços de baixa latência como o JACK
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Não ter um jeito simples de configurar o acesso à mídias externas tendo que recorrer ao terminal (fora do GNOME pelo menos)
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Não possuir real integração visual com o sistema
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Não ter um jeito simples de compartilhar os Apps
Coisas assim
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É claro, sempre há pontos positivos e negativos.
O objetivo deste artigo é mais apresentar de forma breve o que é Flatpak, como ele funciona e como utilizar.
Quem sabe eu possa fazer outro artigo no futuro abordando de forma mais aprofundada os pontos positivos e negativos, até porque se eu fosse fazer isso nesse artigo acabaria ficando “uma bíblia” de tão longo. hahaha
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Texto excelente!! Muito bem explicado e detalhado. 
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Excelente texto!!!
Apoio a ideia de um artigo mais detalhado de pontos negativos e positivos do Flatpak e do Snap também.
Se quiser ajuda com um Artigo sobre appimages pode me chamar
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Ótimo Artigo.
Vai ficar como artigo de referência! muito bom!