Você está descrevendo uma API, possivelmente uma API REST.
Praticamente todos sites sobre o Corona são baseados em APIs desse tipo, que retornam um JSON com as informações armazenadas pelas instituições de saúde. Aqui tem um monte de exemplos: https://covid-19-apis.postman.com/
Um outro exemplo disso é a API REST do sistema DSpace (Um repositório digital muito utilizado por bibliotecas e instituições). Inclusive na próxima versão a interface gráfica será toda baseada na API REST, que foi atualizada.
Ex.: https://demo.dspace.org/rest/items?limit=10&offset=0&expand=bitstreams
Basicamente, o webapp principal vai fazer uma requisição HTTP para outro servidor (ou para uma API interna) pedindo alguns dados, e a API irá retorná-los em formato JSON. Você pode adicionar parâmetros obrigatórios, como parte do endereço, ou parâmetros opcionais, usando as opções do HTTP (ex.: api/id?max=1&min=2"). E ai no seu Webapp você tem que montar alguma estrutura para fazer o meio de campo (Um Middleware) entre a API (que fará o papel de BD) e o Front-end.
Você pode montar essa API em qualquer linguagem, mas ela tem que ser bem rápida e otimizada.
Nesses dias eu fiquei sabendo do projeto FastAPI (em Python), e pareceu bem interessante. Ainda não testei, mas estou afim de implementar alguma coisa só para testá-lo.
Sobre a importação, importar de 1 em 1 é uma péssima ideia, porque normalmente o commit é um processo bem caro para o BD. É melhor passar conjuntos bem maiores (tipo, 1k, 10k ou até 100k) para que o BD os processe de uma só vez. Não sei qual BD você está utilizando, mas é possível fazer isso em qualquer um.
Por fim, não tenho ideia de qual hospedagem usar. O ideal seria na mesma infraestrutura que está hospedando o Webapp principal, para tanto reduzir a latência, que sempre vai existir se os servidores estiverem em locais diferentes, quanto para reduzir a possibilidade de um ficar inacessível para o outro.