Outro análogo é o wtype. Para cada uma das distros nas tags:
Debian: Possui os dois desde o atual stable.
Linux Mint/Ubuntu: ambos a partir do 25.04, então só na próxima LTS.
Void: só o wtype.
O ydotool é levemente mais versátil pois ele pega em todos os ambientes (usando funções do kernel para criar dispositivos virtuais), mas o wtype não fica tão atrás pois funciona em ambientes wlroots (ou seja, quase todos os ambientes que não são o KDE ou o GNOME).
Vale lembrar que nenhum dos dois é um “drop-in” do xdotool, ambos possuem sintaxes bastante diferentes.
Na minha opinião, a do ydotool é bem mais complexa, especialmente para o que você quer fazer, que envolve teclas modificadoras – é preciso ler um arquivo “para programadores” em /usr/include e colocar os números dentro da linha de comando do ydotool key.
Dependendo de quanto for versátil o mecanismo de scripting do Thunar for, é capaz de ser mais eficaz colocá-lo para iniciar um script que chama logo o botão de pesquisa, ou usar um análogo do KFind para XFCE (caso exista).
Sugiro dar uma olhada na documentação do programa (man 1 wtype). Lá é esclarecido que argumentos isolados, não precedidos de uma opção, sempre são interpretados como texto (parecido com o xdotool type), e que caso queira usar um “keycode” comprido (como space, XF86AudioPlay, etc., assim como o xdotool key), você prefixa com -k.
O comando como está aí digita, em sequência, Super + cada letra da palavra “space”.