@Capezotte rapaz, e não é que era uma coisa fácil! kkkkkkkkkkk 
Para quem quiser fazer o mesmo. Apenas reinstalei o bspwm e a polybar. Fui ler a documentação do modulo do bspwm e vi que era só deixar em branco o label das áreas de trabalho vazias. Em outras palavras. Era só deixar assim:
label-empty =
Por padrão o modulo do bspwm na wiki da polybar vem assim:
label-empty = %icon% %name%
Tive um pouco de dificuldade de encontrar essa informação. Porém, não entendo nada da polybar. Mas, de fato, era uma coisa fácil de se fazer. Vou aproveitar que instalei e ler a documentação com calma e ver se aprendo alguma coisa sobre a polybar.
fonte: Module: bspwm · polybar/polybar Wiki · GitHub
edit: para quem não sabe, o arquivo a ser editado fica em /home/seu_usuário/.config/polybar/modules.ini