Dentro das “distros Linux” (ou GNU Linux), pode-se inventar mil maneiras de fazer isso, ou outras coisas, pois os sistemas são transparentes e as ferramentas são abundantes.
A questão principal é: ─ “Como você prefere usar, e que tipo de coisas prefere fazer”.
Meu caso é muito diferente, mas serve como exemplo de como as opções pessoais de cada um são determinantes para cada um escolher seu próprio “como fazer”.
Eu tinha instalado o Mageia 7, e ontem resolvi instalar o Mageia 8 alpha 1, em substituição. ─ Como eu tenho partições /home separadas, bastou não formatar a partição /home, e criar um Usuário com o mesmo “apelido” da instalação anterior.
Ao carregar o Mageia 8 instalado, lá estavam o mesmo Wallpaper, e todas as minhas configurações anteriores ─ inclusive para vários pacotes que ainda não tinha instalado. ─ Foi só instalar de novo os mesmos pacotes adicionais, e também já abriram com as configurações anteriores.
Isso não é 100% garantido, claro! No Gimp, tive de refazer 2 ou 3 configurações. ─ Afora isso, houve mais 1 ou 2 aplicativos que também “perderam” uma ou outra configuração.
No ambiente KDE, também precisei refazer algumas poucas configurações. Mas foi rápido. Carreguei o Mageia 8 instalado lá pelas 20:00, e bastou instalar o gnome-screenshot, para ele funcionar de imediato, pois a /home preservou minhas teclas de atalho PrtScn e Shift-PrtScn, configuradas para usar esse aplicativo do Gnome.
Como eu uso sempre KDE, a partição /home de uma distro pode ser reaproveitada ao instalar outra distro, mesmo que sejam muito diferentes, uma da outra. ─ Por exemplo, uma vez instalei o Slackware aproveitando a /home que tinha sido do Manjaro, e tive de pesquisar um pouco para corrigir manualmente o Idioma, Teclado etc. ─ Por isso, em geral prefiro não abusar, quando as distros são muito diferentes. Já anotei tantas configurações, que em 12 horas posso refazer quase todas, do zero.
Uma vez, instalei o Mint 18 KDE sem formatar a partição-raiz onde antes estava o Mint 17 Cinnamon ─ e ficou preservado até o histórico de pacotes instalados e atualizados. Bastou abrir o Synaptic, e lá estava todo o histórico do Mint 17. ─ Mas isso é mais arriscado, e algumas distros se recusam a instalar em uma partição-raiz não-formatada.
Tudo isso que falei ─ sobre partições reaproveitadas (não-formatadas) ─ se aplica aos backups, tanto para o bem, quanto para o mal.