Como eu posso desinstalar um programa por completo? já utilizei o purge, autoremove, mas, por exemplo, quando instalo o Google Chrome novamente as extensões e configurações continuam lá, como se eu nem tivesse removido.
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Creio que o sudo apt purge <nome do aplicativo> funcione
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Se vc logar com sua conta do google logo após instalar o mesmo, ele restaura tudo, agora após desinstalar, veja se sobrou algo na pasta .config do usuário
/home/“user”/.config/google-chrome/
Realmente tem várias pastas de programas que eu instalei (na .config), vou apagar e ver se funciona, valeu! 
Os programas desinstalados pelo gerenciador de pacotes, seja ele da distribuição que for, não apagam os arquivos de configuração que por ventura tenham ficado na pasta pessoal dos usuários.
A completa desinstalação somente com a remoção dos arquivos na pasta do usuário, onde estarão nas pastas ocultas: .config, .local e .share
Atenção ao apagar coisas por lá, pois são as configurações de quase todos os programas! Sugiro sempre em vez de apagar, renomeie a pasta para algo fácil de identificar. Se renomeou, reiniciou a interface gráfica e funcionou, que bom, pode apagar o diretório de backup. Porém se der algum erro estranho renomeie de volta o diretório. Eu uso .old no final do nome, mas é comum usar tbm .del .bkp ou vc inventa o seu .micco