Moçada, tá aparecendo esse erro só no transmission. Ja tentei a solução do link abaixo, mas não funcionou no Debian 13, GNOME 48:
Às vezes pode ser erro de cache.
Apagando a pasta .cache na home resolve.
Apague e reinicie a sessão
Já tentou mudar o tema de ícones também?
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Deu certo não, mas ao instalar um outro app equivalente , tipo deluge, o ícone fica normal.
. E tipo o ícone fica normal na dock, so fica desse jeito com o ícone de programa aberto(na imagem trasmission na dock e a engrenagem é ele aberto).
Você está usando Flatpak?
Nada, só .DEB mesmo.
Se instalar como flatpak ele aparece correto,mas entre usar 10x mais espaço em disco e ficar com o erro, vou permanecer em .deb Posso viver com isso. 
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Já tentou copiar o link para .local/applications?
Copie do /usr/share/applications
Veja se o icone está definido no arquivo desktop
Não deu não, o curioso é que no X11 fica normal. Vou deixar quieto, pelo menos tá funcionando, valeu.
Provavelmente a chamada do .desktop está para o Xorg.
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