Já tentou compilar com o meson ao invés do autogen.sh? Normalmente era para o autogen gerar o configure e ao que me parece não ocorreu, você leu o README? Se existe a possibilidade de compilar com o meson é bem mais tranquilo instale o meson e o ninja e siga as instruções que provavelmente estão no README, eu não tenho Wacom para testar infelizmente, mas eles recomendam utilizar o GNOME, mas nada impede que você tente configurar manualmente.