Segui a explicação das seguintes fontes, fora o uso do flatseal, porém sem sucesso:
Experimente Desktop Integration — Flatpak documentation
está usando a versão mais atual? 2022.7.28-brescia-2? Se sim, ele não suporta mais gtk3 themes, usa libadwaita
Basicamente vc só consegue sobrescrevendo a variável ambiente GTK_THEME, você pode forçar um app LibAdwaita a usar um tema específico, desde que ele suporte GTK 4, ex:
Tema Amber:
Tema padrão Adwaita
E o mais legal: rodando dentro do Flatpak 
Hmm, então faz sentido o comportamento da versão do Chaotic AUR, nela estava parada na versão de maio.
Incrível que na minha máquina com Manjaro ele vai direto para a versão dark do libadwaita, aqui no Archcraft, nem sonhando. Instalei o tema usando o pacman, mas ele não aparece no diretório “padrão” /usr/share/themes
Alguma ideia se é possível mudar direto via código no flatpak?
Experimenta:
export GTK_THEME=Adwaita:dark
flatpak run …
Pelo Flatseal, adicione essa variável para o Bottles, assim:
Está usando Openbox ou outro WM? O CSD do GNOME cagou absolutamente qualquer programa GTK. Existia o gtk3-nocsd que conseguia remover esse problema, mas nem ele está funconando mais.
Estou no Openbox
Grande! Muito obrigado
Isso, eu esqueci que meu flatpak é modificado
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