O Wine e suas ferramentas de gerenciamento (Lutris e PlayOnLinux) sã as únicas maneiras de abrir .EXE no Linux.
Se você der o nome dos programas em específico, talvez dê para a gente ajudar. Pode ser que o que falte seja algo simples como instalar uma DLL do Windows no Wine.
Lembre-se que se o Wine não adiantar, não tem nada de errado em voltar para o Windows.