Estes outros padrões de empacotamento surgiram devido aos problemas com dependências. Então, digamos, surgiram propostas diferentes para o problema e elas coexistem. Daí, muitas vezes, você tem o mesmo programa em .deb, flat, snap e appimage.
Há uma variedade enorme de programas.
Para citar uns poucos: Firefox, Libreoffice, Gimp, Bitwarden, VLC, Audacity etc.
Este tópico pode esclarecer algumas dúvidas:
Além disso, você pode ver Flathub, SnapStore, AppImageHub.