Notaram que ao instalar e usar o Synaptic, ele vem sem uma caixinha de busca, ela fica no centro acima dos pacotes listados. Para fazer aparecer ela, simples, rode o comando abaixo que soluciona tudo.
sudo apt install synaptic apt-xapian-index && sudo update-apt-xapian-index -vf
Abra o Synaptic e note agora a caixinha presente.