Complicado isso, hein 
faz o seguinte, tenta formatar o pendrive com o gparted.
abra ele, selecione o pendrive no canto superior direito, como na imagem: (Obs: veja se realmente é seu pendrive, caso você tenha um outro hd ou ssd, pode acabar formatando ele sem querer)
desmonte e crie uma nova tabela de partição:
Aí é só criar uma partição em FAT32
Aí é só salvar as alterações que o pedrive estará formatado
Eu faço isso para formatar o pendrive quando eu crio uma iso bootável pelo etcher 