Claramente um problema de tema GTK. Você está usando um tema alternativo?
Se não for o caso, os apps que você instalou são em flatpak?
Geralmente os temas dos apps em Flatpaks precisam de seus temas nas Runtimes, e o do Pop em particular já vem pre-instalado, mas você pode conferir rodando:
flatpak install org.gtk.Gtk3theme.Pop-dark