Na própria página do GitHub já diz como se faz isso, não tem segredo.
É só rodar o comando e trocar os argumentos de acordo com o seu tema de ícone atual. Por exemplo, eu uso o Papirus (normal, sem ser o Dark, ePapirus ou outro). E eu quero alterar a cor para verde, então, o comando será o seguinte:
papirus-folders -C green --theme Papirus
O texto em negrito você vai alterar de acordo com a cor desejada e com o tema que você esta usando, respectivamente.