Eu tenho usado o Obsidian também. Mas o pessoal deu boas sugestões.
Vale observar que o Obsidian em si não é open source, ainda que vários plugins de comunidade dele sejam.
Além de simples e versátil, o Obsidian usa simples arquivos Markdown, que podem ser abertos em qualquer software praticamente, então, suas anotações nunca vão ficar presas nele.
O backup é que pode ser “trabalhoso”. O Obsidian tem uma assinatura onde oferece um sistema de sincronia em nuvem para quem quer usar, mas não é a única forma de lidar com isso.
Você pode simplesmente colocar a sua pasta do obsidian para sincronizar em algum serviço de cloud que você queira (atenção, que não fica criptografado) ou usar algum plugin de comunidade (como o air sync pra sincronizar direto usando a API do Google ou até usando o Git).
Você também pode hospedar o obsidian num servidor local e acessar ele via rede, tem alguns containers prontos para isso.
Se a parte de criptografia for importante, você pode colocar o vault dele dentro de um VeraCrypt da vida e sincronizar esse vault encryptado com serviços em nuvem. Dá mais trabalho, mas é plausível.
Ou.. você pode usar alguma dessas outras soluções open source e self-hosted que a galera falou. 
Minha forma de usar o Obsidian é sincronizar as notas com o Google Drive e sincronizar o Google Drive com o meu NAS depois, assim eu tenho um backup local se eu precisar. Particularmente, tenho o cuidado de não colocar nenhuma informação sigilosa nessa tipo de anotação.
Coisas digitais que precisam de segurança ficam ou no meu NAS, criptografadas, ou no meu vault do Bitwarden, se eu preciso fora de casa, e coisas que realmente não podem ser “hackeadas” no sentido mais comum da expressão, estão num caderninho por aí. 