Então, eu desinstalei a runtime que citei no post, que é:
org.freedesktop.Platform.ffmpeg-full//21.08
Testei 2 vídeos e realmente deu o problema de queda de frames que disse também no post. Aí, mexi nas flags que pediu e reiniciei o Firefox para testar:
Acontece que não surtiu efeito, voltou a dar quedas, então, instalei a runtime de novo e reproduziu normalmente.
Pois é, tenho algo nessa runtime que o Firefox precisa, o lance é que esse problema, como disse no post, é apenas em vídeos do Twitter, porque no Youtube ou Twitch não tive problemas e são apenas esses sites que testei até o momento.
Talvez isso seja porque é a versão Flatpak, só me estranha que ao instalar Firefox essa dependência não instale junto.