Quando eu usava o OpenSUSE, esse problema me irritava muito. O problema ocorre porque, ao iniciar a máquina, o PackageKit entra em ação (creio que para buscar atualizações) e assim bloqueia o libzypp (back-end utilizado pelo Zypper e pelo PackageKit) momentaneamente. Infelizmente, a libzypp sempre fica bloqueada quando há algum processo a utilizando. Para resolver isso, você pode trocar o pacote PackageKit-backend-zypp pelo pacote PackageKit-backend-dnf, mas eu não acho isso recomendável porque o dnf não foi feito se pensando no openSUSE. O que resta é esperar alguns minutos após iniciar a máquina para poder usar o Zypper, ou retirar o PackageKit.