Realmente, é algo que eu tinha notado a um tempo e contorno acessando o thunar como root.
Como normalmente estou com pressa, faço dessa forma mas nunca tentei bolar uma correção de fato. Detalhe que isso é bem importante para um negócio em si, assim como micro que faz parte de corporação e/ou, como é o caso, mais de um usuário no desktop. @Daigo, pode ser interessante ficar de olho na resolução desse tópico para implementar no TigerOs, visto que é justamente o foco da distro.
Na verdade, vai para a lixeira do usuário root, não fica na lixeira do usuário da seção, visto que não foi montado por ele.