Basicamente por causa de algo chamado ABI, todo sistema operacional fornece uma compatibilidade entre seus binários, como o Debian congela as versões dos pacotes não raramente os programas no Arch vão ter uma ABI que quebra compatibilidade com versões antigas eu explico melhor aqui
Recomendo ler o artigo linkado antes, mas vamos supor que você use um programa que depende da versão 2.3.4 de uma biblioteca (libisis por exemplo) no Arch, você instala outro programa que depende da versão 1.2.3 da libisis pelo APT no Arch, um dos dois vai quebrar
O apt gerencia repositórios, o que vai acontecer depende do que tem nesses repositórios