Por exemplo, o aplicativo whatsapp-desktop, instalado via flatpak, foi o primeiro que tive esse problema. Descobri em uma postagem no stack overflow que um simple xprop WM_CLASS e seu resultado, ao colocar no .desktop do programa em questão seria o bastante. Fiz até uma postagem recente ensinando para programas em flatpak, o que deu certo para o emoji-pickerm baixado via pacman, por exemplo.