Trabalho programando em linux e windows a alguns anos e passei pelo mesmo dilema que você. Como editor de códigos maiores (como IDE) utilizo o VSCode mas sempre utilizei o notepad++ para abrir JSON, arquios de configuração, fazer comparações lado a lado (o plugin compare do npp é realmente muito bom) e um dos principais problemas que achei foi não existir o npp para linux nativamente.
Já experimentei vários editores como Geany, Vim e Emacs mas esses editores de uso geral para o linux são ou extremamente complexos de serem configurados (o caso do Geany), o que causa uma grande dor de cabeça quando precisamos configurar algo específico ou instalar algum novo recurso ao editor, ou dependem de um literal treinamento e dezenas (talvez centenas) de horas de prática para utilizar de forma fluida e natural (como exemplo do Vim ou Emacs).
Como você falou, o “port” do npp para linux, o notepadqq fica extremamente aquém da versão original de windows, perdendo principalmente o suporte aos tão desejados e importantes plugins e também sendo bastante instável, principalmente ao abrir arquivos grandes.
A alternativa mais próxima que encontrei, com implementação nativa no linux, foi o Sublime Text, mas este é um software comercial pago e ele faz questão de te lembrar disso com frequência quando você usa a versão gratuita, o que me irritou bastante.
A solução acabou sendo instalar o notepad++ via wine mesmo. Mas veja que esta solução não é 100% igual à instalação nativa no windows, já que é muito mais instável (passei por diversos travamentos do npp no wine já, principalmente ao editar arquivos grandes) e sua interface ficará destoante do restante do sistema operacional, contudo, esses problemas possuem baixo impacto, já que as instabilidades, mesmo sendo mais comuns em relação à versão rodando em windows, ainda são bastante raras e a interface acaba sendo só uma questão de costume mas sem impacto na usabilidade.
Como o colega acima citou, existe uma possibilidade de instalação do notepad++ com wine usando snap (que é a que eu uso pois mantém o software atualizado mais facilmente), porém, o preço que você paga por essa praticidade é o fato de, na primeira execução do programa a cada boot, o programa leva alguns segundos a mais para abrir (a partir da segunda execução passa a ser instantâneo).
Caso você queira tentar alguma alternativa nativa no linux que não quebre o fluxo de utilização do programa, daria uma chance ao Sublime Text, caso os lembretes de versão gratuita ou efetuar a compra do software não te desagrade, ou ao Geany, que é chato de configurar mas, após configurado, é extremamente leve e funcional, assim como o notepad++ nativo do windows.
Como você especificou as funcionalidades usuais que deseja acabei não listando, mas existem algumas opções que ajudam também que podem ser nativas da sua DE ou instalada, como o Kate do KDE o Gnome Text Editor ou o Mousepad do XFCE, pelo mesmo motivo não citei o projeto mãe do notepad++ e geany, o Scintilla (no caso, o SciTE). Desses o Mousepad e o Scintilla eu sei que não tem todos os recursos que você busca, mas tem syntax highlight. Os outros dois não lembro se possuem ou não esses recursos mas creio que não (vale conferir, principalmente o Kate).
Obs.: Coloquei o link para a página dos projetos mas creio que todos (exceto o npp via snap store) estejam disponíveis nativamente nos repositórios do linux mint.
Obs. 2: Olha que interessante, pesquisando o link dos projetos esbarrei num link do projeto Scintilla para uma lista dos projetos que o utilizam como base.