Você pode apagar arquivos com as extensões .old .1 .gz e .xz, você não deve apagar arquivos atualmente em uso, ou pastas.
Eu fiz um shell script para Debian e derivados, que realiza uma limpeza no sistema, eu o executo mensalmente através de um cron job, sinta-se livre para utilizá-lo.
#!/bin/bash
#Clean APT cache
apt clean -y
#Remove unused dependencies
apt autoremove --purge -y
#Remove temporary files
rm -rf /var/tmp/*
#Remove old log files
find /var/log \( -iname "*.old" -o -iname "*.gz" -o -iname "*.xz" -o -iname "*.1" \) -delete