Como é algo que tem que ser rodado a cada atualização do Opera, talvez seja bom automatizar isso.
Adianto que não testei porque não tenho um sistema Debian/Ubuntu, mas seguindo o exemplo desse tópico, criando um arquivo /etc/apt/apt.conf.d/101operaffmpeg com esse conteúdo
DPkg::Post-Invoke { "cp -f /usr/lib/chromium-browser/libffmpeg.so -t /usr/lib/x86_64-linux-gnu/opera"; };
Será feita uma cópia do /usr/lib/chromium-browser/libffmpeg.so para a pasta /usr/lib/x86_64-linux-gnu/opera.
-f faz copiar por cima se já existir um arquivo de mesmo nome, e -t garante que essa cópia só vai ser feita se esse destino existir e for uma pasta.