Um detalhe que observei em algumas versões do Gnome com o tema dark, independente da distribuição, é que o tema dark não pega na janela de abrir ou salvar algum arquivo.
Acabei de formatar meu notebook, instalei o Zorin OS 15.3, mudei para o tema dark padrão, quando fui salvar um arquivo, a janela de salvar o arquivo não pegou o dark, podem ver na imagem abaixo:
Instale a extensão User Themes (User Themes - GNOME Shell Extensions) e escolha o Tema Dark no Gnome Tweaks - (Aparência - Temas - Shell). Caso tenha essa possibilidade dessa escolha. Já fez isso? Não sei se isso ajudará. Foi apenas um palpite. Vai que ajuda.
Para instalar o Gnome Tweaks sudo apt install gnome-tweaks
É problema no snap mesmo. Acabei de desinstalar o Opera que foi instalado pelo snap, baixei o deb no site do Opera e o tema pegou na janela de Salvar/Abrir arquivos.
Fiz um teste aqui e funcionou, mas da muito trabalho
Tem que ver se já tem o tema disponível snap store. Toda vez que você instalar um aplicativo snap depois que você já aplicou o tema, você terá que aplicar o tema manual novamente.