Eu consegui encontrar a solução!
Como disse acima, o correto é a tela de bloqueio acontecer apenas enquanto o usuário está realmente inativo pelo tempo determinado.
No exemplo citado eu estava usando o Brave em Flatpak, e para o programa em Flatpak ser reconhecido pelo sistema executando alguma atividade e não como inativo é necessário marcar essa opção:
Bem, não tenho conhecimento a fundo sobre o D-Bus, mas vi por cima que serve para realizar algum tipo de comunicação entre os processos do sistema, com certeza alguém aqui do blog pode explicar melhor, mas pode se dizer que é o tipo de coisa que fica por debaixo do capô do sistema e a gente até não sabe para que server, mas é muito importante.
Enfim, se alguém estiver tendo problemas com bloqueio/protetor de tela e tals, talvez esse seja o caso.