Você é um feliz participante dos 99,999% que não têm problemas com esse quesito, @xterminator 
Mas, seu Fedora esta com qual DE? – Aliás, só agora reparei que o @WArmond está com o Workstation, portanto não está usando KDE.
Comecei a usar Night Color em Dezembro 2019 e continuei usando no novo PC, a partir de 2020. No KDE, sempre veio “instalado” por padrão (kcm_utils) – com exceção do MX Linux 19, que só habilitou esse recurso quando instalei redshift + plasma-applet-redshift-control – coisas que não existem nas minhas outras distros.
Portanto, é possível que o problema que eu tenho no Fedora seja específico.
Instalei o Fedora 31 em Janeiro 2020, e de lá para cá vim apenas fazendo upgrade. – Só usei Wayland quando o Fedora 34 veio com ele como padrão. Logo voltei para o X11, e só tornei a rodar 1 sessão Wayland para gravar um vídeo curto sobre o problema no Conky. – Não anotei em que momento o problema começou, pois não interfere muito. Ao começar a sessão, o Night Color está aplicado, se desfaz, mas com 2 cliques restabeleço, e não penso mais no assunto.
O que me chamou atenção, neste tópico, é que o Fedora é minha única distro onde ocorre esse pequeno problema.