Linux Mint demorando para Inicializar e para abrir aplicativos

Para inicialização rode o comando systemd-analyze blame e ele te retornará o que detalhadamente cada serviço que está iniciando no boot e seu tempo, daí você pesquisa o que poderá desativar ou não.

Este post(Créditos ao autor: swatquest) pode te dar uma ajuda de como otimizar o boot e etc, principalmente se você usa HDD e não SSD; mas não espere milagre, o tempo de leitura/gravação de um HDD nem se compara ao de um SSD.

Quanto a demora em abrir: possa ser que desativando os efeitos das janelas melhore, já tentou? observe a cpu-freq p ver como ela está também.