Já vi gente com esse problema de teclados com diferentes layouts e, até onde seu sei, não dá pra configurar cada um com layout específico.
Uma coisa que funcionou pra mim foi mudar o “Input Manager” para o fcitx. Ele é bem mais configurável. Mas vou te falar que é um parto pra conseguir entender e configurar. Aqui tem umas dicas pra começar.
Também não sei quanto ao Cinnamon, mas felizmente o KDE Plasma tem um monte de configuração pro teclado, inclusive um módulo do fcitx para aparecer nas configurações do sistema. De repente o Plasma, com suas milhares de configurações, pode ajudar a resolver o problema (vale testar o ‘live’ num pendrive).