Não cheguei a usar o chkrootkit, mas o rkhunter em particular recomendo contra (a não ser que você saiba bastante de como o seu sistema é montado). Ele é bem alarmista e detecta comportamentos potencialmente legítimos como suspeitos (como a troca de informações entre processos, arquivos-chave do sistema serem scripts, etc.) e a única maneira de saber se são malwares ou não é conhecendo bastante o sistema.
Além disso, ambos focam bastante em ameaças de servidor, que provavelmente nunca vão te atingir já que você (espero) não tem uma porta de comunicação via SSH exposta na internet.
O ClamAV talvez seja a melhor opção aqui. Ele detecta as (poucas) ameaças ao Linux de desktop. Esse malware aqui, por exemplo, só vi ser mencionado na base de dados do ClamAV.